Restaurer la fonctionnalité des milieux aquatiques est une nécessité si l’on veut tendre vers une gestion durable des écosystèmes. Les actions envisagées doivent alors considérer ce milieu dans son ensemble afin de réduire l’impact négatif des aménagements, des activités et de concilier les différents usages et les besoins dont peut faire l’objet un cours d’eau.

Le Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE), plan de gestion des eaux pluriannuel recherche une meilleure fonctionnalité des milieux aquatiques. La préservation des zones humides et la restauration de la continuité écologique des cours d’eau figurent parmi les principaux objectifs fixés par le SDAGE.

Il convient de mettre fin à la disparition, la dégradation des zones humides tout en préservant et en maintenant leur fonctionnalité. Ce sont des réservoirs de biodiversité qui jouent un rôle essentiel dans la régulation des eaux et l’autoépuration.

La restauration de la continuité écologique et donc du fonctionnement naturel des écosystèmes aquatiques est également essentielle en vue d’améliorer l’état des cours d’eau.

La « continuité écologique », fait référence à la libre circulation de tous les organismes aquatiques et espèces biologiques vivants dans un cours d’eau.

Les seuils ou les barrages, aménagés en travers de la rivière sont autant d’obstacles à l’écoulement et au transport de sédiments. Leur suppression étant parfois inenvisageable, il convient alors de les équiper pour le franchissement (élaboration de passes à poissons par exemple).

Les ouvrages longitudinaux tels que les digues, remblais ou les protections de berges diminuent la mobilité du cours d’eau, notamment lors des crues. Le développement d’un « espace de bon fonctionnement », espace requis par le cours d’eau pour assurer ses fonctionnalités, doit être alors être privilégié. En effet, moins la rivière subira d’altérations et d’obstacles à l’écoulement, plus elle remplira ses fonctions naturelles telles que la dissipation de l’énergie, l’épuration des eaux, l’équilibre sédimentaire…

L’imperméabilisation des sols et l’urbanisation toujours plus importante sont les facteurs principaux qui empêchent ou limitent les échanges entre le cours d’eau et son sous-sol. Ne pas entraver ceux-ci est un enjeu majeur tant les eaux souterraines sont impliquées dans les usages quotidiens de la ressource en eau.